Federführendes Institut

Arbeitsbereichsleiter

PD Dr. Matthias Fladung

Sieker Landstraße 2

22927 Großhansdorf

Telefon +49 4102 696 107

Fax +49 4102 696 200

e-Mail: matthias.fladung@  thuenen.de

SNP-Pappel

Projekt

SNP-Diagnose züchtungsrelevanter Eigenschaften von Salicaceaen

Mit der Verfügbarkeit der annotierten Genom-Sequenz von Populus trichocarpa und die sehr großen Sammlungen von EST-Sequenzen besteht die Herausforderung heute darin, Züchtung und Züchtungsstrategien auf der Ebene der Gene oder sogar darunter zu beschreiben.

Hintergrund und Zielsetzung

Eine der großen Herausforderungen ist die Variabilität der Genexpression mit der Nukleotitdiversität zu beschreiben. Die Ziele dieses Projekts sind daher die Nukleotitdiversität in für die Züchtung relevanten Klonen und Hybriden zu evaluieren; der Aufbau einer SNP Datenbank der Pappel für mindestens 20 Kandidaten-Gene für züchtungsrelevante Eigenschaften; und vergleichende Analysen von Genen mit höchsten SNP-Polymorphismen zu quantitativen Merkmalen.

Vorgehensweise

Eine Möglichkeit zur SNP-Diagnose züchtungsrelevanter Eigenschaften ist der sogenannte Gen-Kandidaten Ansatz. Hier werden Gene a priori als mögliche Kandidaten für z. B. Trockentoleranz, Wund-/Krankheitsresistenz, vegetative Bewurzelbarkeit, Biomasseleistung (CO2-Fixierung), Lignifizierung, usw. ausgewählt und die Variation auf die DNA-Ebene in verschiedenen Individuen und Klonen bestimmt. Daher sollen in diesem Projekt für mindestens 20 Kandidaten-Gene in Pappelklonen die Nukleotitdiversität bestimmt und in einer SNP Datenbank festgehalten werden.

Ergebnisse

Die aus dem Vorhaben zu erwartenden Erkenntnisse werden wichtige Aufschlüsse über die kommerzielle Verwendbarkeit von über SMART-Breeding optimierten Pappelgenotypen liefern. Die wissenschaftlichen Erfolgsaussichten sind sehr hoch, da grundlegende Erkenntnisse über die Beziehung zwischen SNP-Mustern und der Ausprägung von Merkmalen erwartet werden.

Thünen-Ansprechpartner


Beteiligte Thünen-Partner


Beteiligte externe Thünen-Partner


Geldgeber

  • Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL)
    (national, öffentlich)

Zeitraum

6.2010 - 5.2013

Weitere Projektdaten

Projekttyp:
Projektstatus: abgeschlossen

Publikationen zum Projekt

Anzahl der Datensätze: 4

  1. Kersten B, Faivre Rampant P, Mader M, Le Paslier M-C, Bounon R, Berard A, Vettori C, Schröder H, Leplé J-C, Fladung M (2016) Genome sequences of Populus tremula chloroplast and mitochondrion: Implications for holistic poplar breeding. PLoS One 11(1):e0147209, DOI:10.1371/journal.pone.0147209
    PDF Dokument (nicht barrierefrei) 1192 KB
  2. Höltken AM, Fladung M, Streckenbach M, Dujesiefken D (2013) Möglichkeiten DNA-basierter Methoden für Baumgutachten. Jb Baumpflege 2013:19-25
  3. Brügmann T, Fladung M (2013) Potentials and limitations of the cross-species transfer of nuclear microsatellite marker in six species belonging to three sections of the genus Populus L.. Tree Genetics Genomes 9(6):1413-1421, doi:10.1007/s11295-013-0647-3
  4. Pfennig K, Hoffmann M, Brauer M, Liepelt S, Fladung M, Gebhardt K (2012) SNP - Diagnose züchtungsrelevanter Eigenschaften von Salicaceaen. Beitr Nordwestdt Forstl Versuchsanst 8:379-380