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Entwicklung von Forschungsdatenbanken

Projekt

 (c) Birgit Kersten

Entwicklung von Datenbanken für umfangreiche projektübergreifende Forschungsdaten

Eine existierende web-basierte Probendatenbank wird um Probendaten sowie phänotypische und genotypische Daten der entsprechenden Bäume erweitert und ihre Nutzeroberfläche wird mit neuen Funktionalitäten versehen.

Hintergrund und Zielsetzung

Für verschiedene Arbeiten des Instituts, z.B. für den Aufbau von Referenzdaten zur Art- und Herkunftsbestimmung, Studien zur genetischen Vielfalt und genetischen Anpassung von Bäumen werden im Verbreitungsgebiet der relevanten Arten viele Pflanzenproben zur DNA-Gewinnung eingesammelt und dauerhaft am Institut gelagert. Diese Proben sind für die aktuellen und zukünftigen Arbeiten des Institutes von großer Wichtigkeit. Sie sind ein begehrter Bestandteil von Projekten innerhalb des Thünen-Verbundes (Institute für Holzforschung, Biodiversität und Waldökosysteme) sowie in nationalen und internationalen Kooperationen mit anderen Instituten. Ferner benötigen wir diese Proben für Folgearbeiten, wenn z.B. neue Techniken zur Phänotypisierung und Genotypisierung, sowie relevante Marker, verfügbar sind.

Im Datenbankprojekt sollen neue Proben in einer existierenden webbasierten Probendatenbank erfaßt werden, welche bereits mehr als 30 000 Probeneinträge enthält. Im weiteren Verlauf sollen auch phänotypische und genotypische Daten der jeweiligen Bäume/Proben, die im Rahmen verschiedener Forschungsprojekte gewonnen werden, in der Datenbank erfaßt werden. Damit wird die Grundlage für zukünftige Assoziationsstudien gelegt.

Vorgehensweise

Basierend auf der bestehenden Probendatenbank, sollen folgende Weiterentwicklungen erfolgen:

  • Die Benutzerschnittstelle  soll um neue Funktionalitäten erweitert werden, wie z.B. benutzerdefinierte Abfragemöglichkeiten.
  • Die Benutzerschnittstelle soll für die probenunabhängige Verwaltung von Baumdaten erweitert werden. Das würde zukünftig auch die Integration anderer baumspezifischer Daten (z.B. Versuchsflächendaten) erleichtern.
  • Die Datenbank soll um zugehörige Metadaten und experimentelle Daten (phänotypische und genotypische Daten, wie Ergebnisse molekularer Marker-Analysen) erweitert werden.
  • Des Weiteren könnte in der Datenbank der Lagerort der Proben (DNA und sogenannte Rückstellproben) im Institut erfasst werden, um den Zugang zu den Proben für weitere experimentelle Arbeiten zu optimieren.

 

Thünen-Ansprechpartner


Beteiligte Thünen-Partner


Zeitraum

Daueraufgabe 3.2018 - 2.2020

Weitere Projektdaten

Projekttyp:
Projektstatus: läuft