SNPscan breeder

Computerprogramm SNPscan breeder

Die Fortschritte bei den DNA-Sequenziertechniken ermöglichen die Sequenzierung von ganzen Genomen hunderter und tausender Individuen. Diese Daten kombiniert mit genau vermessenen Phänotypen ermöglicht die Identifizierung von ursächlichen Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs) auch für Merkmale mit komplexer genetischer Architektur. Der alte Traum von der Kombination der Quantitativer Genetik mit der Genomforschung wird Wirklichkeit. Dies eröffnet insbesondere für die Züchtung enorme Möglichkeiten. Wir haben das Simulationsprogramm SNPScan entwickelt, um dieses Potential abzuschätzen, zu optimieren und umzusetzen.

Das ProgrammSNPscan breeder simuliert komplette Genome für viele Individuen. Es kann genutzt werden,

• um Phänotypen basierend auf konkreten genetischen Architekturen der Merkmale zu generieren. Hierbei wird die Anzahl kausaler SNPs, die positiven und negativen Effekte der Allele auf die Merkmale, die Verteilung der SNPs auf die Chromosomen sowie das Niveau der Heritabilität berücksichtigt.
• um Stichprobenstrategien für genomweite Assoziationsstudien (GWAS) zu testen
• um Phänotypen vorherzusagen und mit empirischen Daten zu vergleichen.
• um Züchtungsstrategien zu entwickeln und zu optimieren. Hierbei werden die Phänotypen der Individuen, Zuchtwerte aus Nachkommenschaftsprüfungen und genmarkergestützte Selektionsverfahren integriert.
• um Stichprobenstrategien für genetische Inventuren zu entwickeln.

SNPscan breeder wurde in der Programmierumgebung Visual Studio 2019 in der Sprache vb.net programmiert und als 64 bit Version für Mikrosoft Windows (Windows 11 und frühere Versionen) kompiliert.

Das ausführbare neuste Version des Programms SNPscan breeder undeine Bedienungsanleitung  können hier heruntergeladen werden:

64 Bit Version SNPscan breeder (letzte Änderung: 14.07.2023)

Bedienungsanleitung (letzte Änderung: 13.07.2023)

Die ältere Version des Programms SNPscan 1.0, eine Bedienungsanleitung und  Erklärvideos können hier heruntergeladen werden:

64 Bit Version SNPscan (letzte Änderung: 24.02.2023)

Bedienungsanleitung (letzte Änderung: 24.02.2023)

Video -Einführungs (letzte Änderung: 28.02.2023)

Video - Bildung von Genomen und genetischer Architektur (letzte Änderung: 24.08.22)

Video - Vorwärtssimulation (letzte Änderung: 26.02.2023)

Video - Genomische Selektion (letzte Änderung: 26.02.2023)

Video - GWAS mit Ergebnissen von SNPscan (letzte Änderung: 27.08.2022)