Da das Thünen-Institut aus verschiedenen Einrichtungen hervorgegangen ist (siehe Historie), existieren mehrere Fördervereine, die das Institut als Ganzes oder in bestimmten Teilbereichen unterstützen.
Gesellschaft der Freunde des Thünen Instituts (GdF)
Verein der Förderer und Freunde des Instituts für Ökologischen Landbau Trenthorst (VdFF e. V.)
Gesellschaft der Förderer und Freunde der Holzwissenschaft in Hamburg e. V. (GFF)
Gesellschaft der Freunde und Förderer der Forstgenetik und Forstpflanzenzüchtung e. V.