Institut für

Forstgenetik

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Software

Diese Seite enthält Software zur Analyse der räumlichen und phänotypischen Struktur von Planzen und Tieren  (Spatial Genetic Software) und zur Bestimmung der geographischen Herkunft (GeoAssign) mit Hilfe von genetischen und metrischen Daten. Die Computerprogramme wurden von Bernd Degen und Mitautoren entwickelt.


 

 

 

Statial Genetic Software

Das Konzept und die Elemente des Programms wurden publiziert in:

Degen, B., Petit, R. and Kremer, A. (2001) SGS - Spatial Genetic Software: A computer program for analysis of spatial genetic and phenotypic structures of individuals and populations. Journal of Heredity 92: 447-448.

Die Software Spatial Genetic Software (SGS) ist ein nutzerfreundliches Windows-Programm zur Analyse kleinräumiger und großräumiger genetischer und phänotypischer Strukturen. Das Programm kann fast alle Arten an genetischen Daten verarbeiten: co-dominante Genmarker (nukleare SNPs, Mikrosatelliten, Isoenzyme), dominante Genmarker (ISSRs, AFLPs, RAPDs) und plastidiäre Genmarker (cp- und mt-Haplotypen). Die Daten können dabei auf der Ebene einzelner Individuen sowie auf der Ebene von Populationen vorliegen. Ferner enthält das Programm einen einfachen Ansatz zur Analyse kontinuierlicher phänotypischer Daten. Die Software berechnet für Individuen und Populationen in verschiedenen räumlichen Abstandsklassen diverse Maße: Moran‘s Index, Geary’s Index, Anzahl gemeinsamer Allele, FST sowie verschiedene genetische und metrische Abstandsmaße. Die statistische Signifikanz der Maße wird mit Hilfe von Permutationstests bestimmt.

Dateien zum Herunterladen:

Manual

Setup von SGS (für Windows 10 und ältere Versionen)


 

 

GeoAssign

Das webbasierte Programm ordnet Individuen (Test-Individuen) anhand ihres Genotyps oder ihrer metrischen Merkmale bestimmten Gruppen (Ursprungspopulation, Ursprungsland etc.) zu. Die Daten der Gruppen sind als Referenz-Individuen erfasst. Der Nutzer lädt Dateien der Test-Individuen und der Referenz-Individuen in das Programm hoch. Die Zuordnung der Test-Individuen erfolgt mit einem „Nächsten-Nachbar-Ansatz“.

Das Programm wurde publiziert in:

Degen B, Blanc-Jolivet C, Stierand K, Gillet E (2017) A nearest neighbour approach by genetic distance to the assignment of individual trees to geographic origin. Forensic Sci Int Genetics 27:132-141, DOI:10.1016/j.fsigen.2016.12.011

Link zum Programm